In Baumstrukturen und ähnlichen Datenstrukturen wird Root als Bezeichnung für die Wurzel bzw. für das Stammverzeichnis verwendet. Ein bekanntes Beispiel für Baumstrukturen sind Dateisysteme. Dabei hängt es vom Betriebssystem ab, ob ein Computer ein oder mehrere Wurzelverzeichnisse hat. In der Datenrettung ist es vielfach wichtig die Wurzel und die Verzeichnisstruktur zu kennen, um verlorene Daten oder beschädigte Verzeichnisstrukturen reparieren zu können.
Je nach Betriebssystem kann das Dateisystem unterschiedlich viele Stammverzeichnisse haben. Unter Linux gibt es oftmals nur ein Rootverzeichnis. Microsoft Windows Betriebssysteme verfügen hingegen oftmals über ein Stammverzeichnis für jede Partition bzw. für jeden Datenträger.
Darüber hinaus findet der Begriff Root in der Informatik auch bei Datenstrukturen Anwendung. Hier wird das höchste Verzeichnis als Wurzel bezeichnet. Besonders bekannte Datenstrukturen aus dieser Gruppe sind die Baumstrukturen, auf denen auch üblicherweise Dateisysteme basieren. Hierbei bildet die Wurzel den Kopf der Verzeichnisstruktur, die die Daten auf dem Dateisystem organisiert. Schäden an der Datenstruktur einer Festplatte oder eines anderen Speichermediums können dabei erhebliche Folgen für die Datensicherheit haben. Um in einem solchen Fall die Daten zu retten, ist es oft notwendig bei der Datenwiederherstellung auch die Verzeichnisstruktur zu rekonstruieren.